京都・舞鶴港で開催される海上自衛隊イージス艦体験航海に来たコナン（声：高山みなみ）や蘭（声：山崎和佳奈）、小五郎（声：小山力也）ら一行。
ハイテクなシステムで武装され迫力のあるイージス艦の航行を楽しんでいたところ、突如轟音が鳴り響く。
艦内に緊張が走る中、自衛隊員の遺体が左腕のない状態で発見される。
不審な点を見つけ捜査に乗り出したコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が潜入していることを知る。しかしその背景には、日本全土を揺るがす巨大な陰謀がうずまいていた……。
今回は、片腕が切断された自衛隊隊員の死体が発見されたことに端を発するイージス艦の機密情報をめぐるスパイ戦に名探偵コナンが巻き込まれるサスペンスミステリー。
名探偵コナンが、平次や防衛情報官と協力して死体の身元や持っていたメモリーカードの中の機密を調べていくサスペンスが緻密で、派手なアクションがないぶん地味に見えるけど、犯人の正体をめぐる二転三転する展開もスリリングで、名探偵コナンの映画ではスリリングなサスペンスが楽しめる１作。
