46分の長さの中編アニメ『言の葉の庭』（2013年作）で「大人のアニメ」への展開を予想させた新海アニメ・ワールドは、次の三年後の長編アニメ『君の名は。』で方向を変える。神道主義者になった新海は、それ以降の『天気の子』（2019年作）と、2022年作の『すずめの戸締り』に繋がる、一つの制作定式を見つけた出したのである。
つまり、本作『君の名は。』には、ストーリー展開において四つの特徴がある。
１．日本的民俗の要素、ここでは神社をストーリーに取り入れる。
２．ストーリーを基本的にファンタジーとする。
３．主人公を中学生・高校生とする。
４．女子生徒には、特殊な能力を持たせる。
高校二年生の「三葉（みつは）」は、岐阜県飛騨地方にある神社の巫女である。祖母が一葉、母が二葉、妹が四葉と、世代が繋がっており、父親は、民俗学者である。『言の葉の庭』で万葉集をテーマとした新海は、日本古代を改めて「発見」したのである。それゆえに、「お神酒」でもある「口噛み酒」が本作でも重要な役割の演ずる。「口噛み酒」は、処女が噛んだ酒米でなければならないのである。
主人公の三葉は、自ら望んだ訳ではないが、東京にいる、同じく高校二年生の立花瀧と体を「入れ替える」ことが出来るのである。物語りの展開に従って、それが、実は、空間だけではなく、時間軸においても「ずれ」が生じていたことが分かるのであるが、この時空間での「ズレ」というテーマは、新海は、2002年に彼が殆んど自作自演で制作したSF短編アニメ『ほしのこえ』で扱っていたものである。
一方、もう一人の主人公・立花瀧は、女子の身体に入れ替えることが出来て、「興奮」する。実は、本作の題名は、企画書の段階では、『夢と知りせば―男女とりかえばや物語』であったと言う。つまりは、日本文学を大学で勉学した新海は、ストーリーを日本の古典から採ってきて、男児を「姫君」として、そして女児を「若君」として育てる、平安時代の『とりかへばや物語』を想定し、これにさらに、「絶世の美女」たる小野小町の和歌「思ひつつ 寝ればや人の 見えつらむ 夢と知りせば 覚めざらましを」（古今和歌集）を設定に取り込んだのであると言う。蓋し、妙案である。こうして、新海ファンタジー・ワールドは成立したのである。
