●柴咲コウさん声優主演✨
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限界突破！
究極のスパイミステリー！
危険すぎる緊急ミッション！
標的は、日本全土！
それ、マズくね！？
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国家レベルの大事件発生！
「緊急接近！爆発物を積んだ可能性の高い船一隻が･･･」
朝靄の京都・舞鶴湾で発見された、一隻の不審船。
その船に残されたデータや部品は、日本にはないものということが判明。
そのニュースは日本全国に緊張を走らせた。
突如襲われた‘日本の盾’イージス艦！
同日、イージス艦の体験航海に参加していたコナン、蘭、小五郎、そして少年探偵団たちは海上自衛隊員による大迫力の対空戦闘訓練を見学していた。
しかし突然、謎の敵の襲来を受け、訓練は狂気の現実へと変わる！
不安で怯える蘭や少年探偵団。
隊員たちの冷静な対処によって何とか事態は落ち着いたものの、敵の狙いは分からないまま。
そんな最中、自衛隊員の左腕が艦内で発見される！
その腕には、針が5:30AMで止まった腕時計が･･･。
この異常事態に、ヘリで急行した大阪府警、京都府警も一丸となって捜査を開始。
そこには、本来ならイージス艦には乗ることはない謎の女性自衛官、藤井七海の姿もあった･･･。
危険度150%！！見えない敵との諜報戦！
コナンは、犯人追跡メガネや新しい探偵アイテム・衛星電話腕時計を駆使して、灰原や阿笠博士、さらに大阪にいる平次や和葉たちと協力して捜査に乗り出す。
そしてついに、艦内に某国のスパイXが乗りこんでいることを知る！
果たしてスパイXとは誰なのか？
自衛隊員の左腕、謎の女性自衛官との関係は？
このイージス艦で起こっている事件は、日本全土をも巻き込む恐ろしい陰謀のはじまりにすぎなかった！
スパイの鋭い刃は平次、そして蘭にまで向けられる！
「絶対に見つけてくれるよね･･･新一は、名探偵なんだから」交わした約束。
守るべき仲間。
絶海の緊急ミッションにいま、コナンが立ち向かう！
