父母を亡くし、父の友人・小早川順三郎に育てられた不破耕助は、順三郎の娘で姉同然の冴子と3人暮らしをする普通の高校生である。しかし、殺人事件に巻き込まれて命を失いかけて以降、「銀狼」と名乗る粗野で冷徹な別の人格が現れるようになった。耕助の頭蓋骨内には、優しく大人しい性格の普通の高校生「耕助」と、IQ220をもつ天才「銀狼」の2つの頭脳があり、危険が迫った時切り替わるようになっていることが分かった。
それ以後、耕助が通う天神学園で奇怪な殺人事件が起きるようになった。もはや超常現象としか説明しようのない不可能犯罪に対し、銀狼はその天才頭脳を駆使し、次々と科学的に事件を解決していくが、過酷な試練が待ち構える。やがて銀狼誕生の秘密や、全ての事件の裏に潜む「金狼」の存在、そしてその正体が明らかになっていく。
