千葉県幕原市で大地震があったとのニュースが流れる。幕原市に引っ越していた友人・キイチを探しに旅立ったヤマトと、自称災害ボランティア志望のタケルは幕原地区に乗り込む。だが、地震というのは政府による情報操作で、実際には微生物「T幕原型」に汚染されてしまうというバイオハザードが発生、幕原市は大人が死に絶えた未成年だけの街になっており、感染拡大とパニックを防ぐためとして街全体が封鎖されていた。その後、ヤマトやタケルは、様々な問題や事件を乗り越えながら、大人の不在によって治安が悪化し暴力に支配された子供だけの街に秩序を築いていく。
