天聖界と天魔界の抗争が激化。スーパーゼウスは最後の希望である赤ん坊・フェニックスを魯人フッドに託した。10年後、天地球で元気な少年に育ったフェニックスは、聖理力を受け継ぐ救世主となって天地球に落下した石版のかけらを集めろと、廃墟のアンドロココ像からお告げを受ける。そこに突如として魔肖ネロが現れた！

フェニックスはサイバーアップを果たして魔肖ネロを倒したが、力尽きて倒れてしまった。彼を助けたのはアスカという少年だった。一方、アノド復活を狙うデビルゼウスは、アンドロココの理力を受け継いだフェニックスの存在を危惧し、悪魔軍に天使たちの一掃を命じた。悪魔軍の攻撃を受け、天使たちのアジトは崩壊する。

謎の少年・ティキが、石版を渡せと要求してきた。サイバーアップして戦いを挑んできたティキに対し、フェニックスは不利な状況に追い込まれる。その頃、マスターＰはフェニックスをおびき出すために町を破壊。負傷した人々が集まる教会にも危険が迫っていた。教会の中には、負傷者の世話をするアムルという少女がいた。

フェニックスは石版を捜す旅に出たものの、どこへ行けばいいのかわからずに困り果てていた。アムルの勧めで、どんなことでも言い当てるという吉報天女を訪ねることにしたフェニックス。道の途中で、超黒狼に連れ去られそうになっている女の人を助けようとするが、石版を奪おうとするデビルゼウスが動き始めていて…。

ティキが加わり、石版探しの一行は４人になった。ティキは伝説の４戦士ハムラビの子孫。プライドの高い彼は素直になれず、フェニックスとケンカになって、別々の道を行くことになってしまう。そんな一行のもとに、度重なる敗北に怒るデビルゼウスが、究極のバイオミュータントであるリトルミノスを差し向けてきた。

一行はメカタートルを追って、お守りさんの村にたどり着いた。10年前の流れ星で山に変異が起こったせいで、村に残っているのはザールと孫のカラビーのみ。石版が隠されていると考えたフェニックスとティキは、登った者は決して戻らないという呪いの山へ向かう。彼らが強くなることを恐れるサラジンは…。

呪いの山の山頂にたどりついたフェニックスの前に、聖魔子ロッキングが現れて攻撃を仕掛けてきた。クリスタルの結界によって生み出される攻撃がフェニックスを襲う。その頃、サラジンの密命を受けた火炎魔動が麓の村を襲っていた。負傷したアスカを動かすことが出来ないため、ティキはたった一人で迎え撃つことになる！

第一の石版を手に入れたフェニックスは、光の指し示す次の目的地に到着した。ところが森の番人であるドッジ王が行く手に立ちふさがり、ドッジボールで挑戦してきた。フェニックスは挑戦を受けたものの、競技に不慣れなために敗北してしまった。第二の石版のありかも発覚し、ドッジ王との再戦を決意するが…。

フェニックスは特訓を開始。苦しい練習を重ね、つい自分だけの技を編み出した。一方、覇パンクたちはドッジ王をおだて上げ、弟子としてフェニックスたちとの試合に出場してきた。見違えるほど強くなったフェニックスたちは悪魔兵を倒すが、ドッジ王の反撃でティキが抜け、頼りはフェニックス一人になってしまう！

ようやく手にいれた二つ目の石版を奪おうと、魔グ魔が攻撃をしかけてきた。絶体絶命の窮地に陥った一行を救ったのは、クリスタル天使だった。力強い仲間との再会を喜ぶフェニックス。だが、ふと漏らした言葉に不審を抱いたティキはクリスタルを信用せず、石版を見せることを拒否。二人の仲は険悪になってしまう。

三つめの石版を求め、砂漠の町へやって来たフェニックス。聖魔子マハラジャ・ボアボアは宮殿にいると判明するが、警備が厳しいと聞いて大弱り。アスカのとんでもない作戦が成功して宮殿への潜入には成功するが、ボアボアと対面した一行の前にダークヘラが現れる。ボアボアは大金を払ってダークヘラと取引をしていたのだ。

アムルを人質に残し、マハラジャの地下迷宮に挑むフェニックス。１時間以内にすべての罠をクリアして宝を持ち帰らなければ、フェニックスたちは命を奪われ、アムルは一生ボアボアの元で暮らすことになってしまう。途中で悪罠鬼を助け、ようやく地下の神殿に到着するが、そこには迷宮最大の罠が待ち受けていた。

ボアボアへの挑戦権を賭け、フェニックスたちは悪魔とギャンブルで勝負することになった。ヘラの要求により、賭けるのは文字通りの命。ポーカーでスカバットと勝負したティキが敗れ、お邪魔王との勝負に挑んだアスカは命がけの運試しに辛くも勝利。最後の決着をつけるため、フェニックスとヘラが戦うが…。

残る３つの石版を捜すフェニックスは光が指し示す町へやって来たが、肝心の聖魔子の居場所がわからない。おまけにとん甲と名乗る老人に、火難や水難、女難の相まで出ていると断言される。本気にしないフェニックスだったが、とん甲の占いはことごとく現実のものとなり、すっかり動きを封じられてしまう！

ティキとフェニックスは、トン魔戒と魔グ魔人の攻撃になすすべもなく倒れた。二人を連れて逃げるアスカとアムルは、お守りの少年・チャオに助けられる。怒ったトン魔戒たちはお守りたちの村を包囲し、フェニックスたちの居場所を教えろと脅迫してきた。フェニックスとティキは、村を守るために戦おうとするが…。

チャオの勇気ある行動のおかげで、フェニックスとティキは傷だらけになりながらもトン魔戒たちを撃退することが出来た。どんなに苦しくてもあきらめなければ、自分たちの手で未来を切り開くことが出来る…フェニックスはチャオにそう言い残し、とん甲たちのもとへ向かう。とん甲の占いを打ち破ることはできるのか!?

平和な町へやってきたフェニックスたち。女王であるやって弥勒と整形美帝に見込まれたフェニックスとティキが、聖魔子を知る長老に会わせてもらうかわりに、パステナオリンピックに参加することになった。その頃、テラサピエンスではアノド復活のためのドーム建設が始まり、人身御供を選ぶための計画が進んでいた！

スネーク魔Ｑ陰が支配するゴーゴン島には、人身御供の候補者である美女たちが集められていた。サラジンは持ち前の美貌で美女たちの歓心を得ると、ミス天地球コンテストへの出場を持ちかける。栄誉と豪華な賞品に釣られた美女たちは、アムルの忠告を聞こうともしない。案の定、コンテストは罠だと発覚し…。

トンガラスの助言でスネーク魔Ｑ陰を倒したフェニックスとティキ。城ではすでにコンテストが始まっており、操られて意志を奪われたアムルまで美しさを競わされていた。ティキの提案で美女に化けてコンテストに飛び入りしようとするが、悪魔兵に気に入られてしまい失敗。最後の手段として飛行艇の中に隠れるが…。

ついに５つの石版を手に入れたフェニックス。残るひとつを求めて砂漠を旅している途中、ティキが暑さのために倒れた。しかも、突如として２つのピラミッドが出現し、一行は地割れに転落して地下水脈に呑み込まれてしまう。ティキが水を操って難を逃れるが、聖魔子ディナスにフェニックスが連れ去られる。

フォーカス眼鬼によって天地球での思い出を奪われたティキは、青いディナスとの取引に応じ、フェニックスに戦いを挑んできた。ティキがアクアヌーンの王子だと知ったフェニックスは驚き、自分たちの記憶を失っていることに激しいショックを受ける。彼は友達であるティキと本気で戦うことができず苦戦を強いられる。

ティキをかばい、デスザートの毒針に倒れたフェニックス。一刻も早く毒消しを飲ませなければ、彼の命は数時間と持たないだろう。ティキが一人で取りに向かうという条件で、青ディナスは巨大サボテンが毒消しになることを教える。ティキはフェニックスの友情に応えようと砂漠に向かうが、疲れ果てて倒れてしまい…。

ついに石版の６つのかけらが揃った。フェニックスたちは素直に喜ぶが、ティキは目的を果たした以上、直ちに帰国しなくてはならない。悪魔から石版を守るためアクアヌーンへ持ち帰ろうとするティキと、天地球の人々を救いたいフェニックスの間で、激しく意見が対立。いつしかチームワークもバラバラになってしまう。

王子であるティキを迎えに、アクアヌーンから龍の船が到着した。アスカは一緒に悪魔を追い払ってくれるものと喜ぶが、アスタラネモは悪魔との戦いに力を貸すつもりはないと断る。本心を告げられないまま、帰国の途についたティキ。それを狙うリトルミノスは、圧倒的なパワーで船を破壊。クルーたちも傷つき倒れてしまう。

奪われた石版を取り戻すため、テラサピエンスに向かったフェニックス。悪魔軍に捕まっていた人たちを助け、離れ離れになっていた静女天や超法師らと喜びの再会を果たす。デビルゼウスがアノド復活のいけにえとして選んだのは、そのフェニックスだった。伝説の戦士の血を、邪悪な存在に捧げようというのだ！

アノド復活が迫り、悪魔たちもデビルフォースの影響でパワーアップしていた。サイバーアップできないアスカは自信を失いかけていたが、アムルに励まされてフェニックスたちの後を追う。仲間たちはダークヘラに捕まって人質にされていた。仲間を助けたいという強い願いが極限まで高まった時、彼の身に奇跡が起きる。

スサノオロ士の理力を受け継いだアスカは、倭天聖イザナ･アスカにサイバーアップ。アノド復活のためのドームが完成している以上、もはや一刻の猶予もならない。デビルフォースの影響で天変地異まで起こり、アムルの身体には再び異変が現れる。一方のフェニックスたちはザルドスと戦うが、二人の合体技は跳ね返され…。

アノド復活の儀式が始まった。阻止しようとするフェニックスたちとデビルフォースによって強化されたダークヘラ、マスターＰ、サラジンの間で、壮絶な戦いが繰り広げられる。身体の不調で一人残っていたアムルは、謎の声に操られるようにしてドームの中へ。そして想像だにしなかった、衝撃的な事実に直面する…。

アノドの力によって封印されていた闇の心が目覚め、アムルは月光聖アマゾアムルにサイバーアップした。優しく暖かだった天使の面影は消え去り、彼女は残忍かつ執拗な攻撃でフェニックスの命を狙ってくる。悪魔となってしまったアムルにショックを受けるティキとアスカは、反撃することも出来ずに苦境に立たされる。

聖と魔のハーフであるアムルは、それぞれの理力をあわせ持っていた。アスカが、ティキが、彼女の力の前に次々と倒れてゆき、残るはフェニックスただ一人。アムルの優しさを信じたいフェニックスは本気で戦えず、その間にデビルゼウスはアノド復活の儀式を勧める。そしてデビルゼウスは、ついに異次元への扉を見つけた…。

危ういところをオーロラ応神と制空キングに助けられたフェニックスたちは、天使たちの安息の場所・神樹界にかくまわれた。オアシス天女から手当てを受けて身体の傷は癒えたものの、十字剣とアムルを失った痛手から立ち直れないフェニックスは心を閉ざしてしまう。一人になって考えるため、沈黙の森に向かうが…。

フェニックスは試練を乗り越え、再び戦う勇気と新しい武器・天聖剣を手に入れた。一方のデビルゼウスは、対天使用の魔ボット・ギガダロスを完成させ、神樹界と聖樹王国の攻略を着々と進めていた。お守りさんの情報で総攻撃を知ったフェニックスたちは、メカタートルに導かれ、聖ボット・ヘラクライストを探す旅に出る。

ヘラクライストを探すフェニックスたちに、マーニャという謎の少女が襲いかかってきた。身寄りも友達もいないマーニャには、大切な友達であるヘラクライストを戦いの道具として扱うことが許せなかったのだ。マーニャの後を追うフェニックスは、罠にかかって地下へ落とされ、そこでヘラクライストを発見する。

ヘラクライストは長き眠りから目覚めたが、伝説の戦士が揃わないためにコントロールが不完全だった。そこに目をつけたアマゾアムルは、超念魔でヘラクライストを操って破壊の限りを尽くす。崩れた岩の下からフェニックスに救出されたマーニャは、大切なヘラクライストを取り返そうと、アムルめがけて矢を放つ。

サラジンは魔ボットギガダロスを使って、神樹界への攻略を開始。超法師たちは聖フォースで必死に応戦するが、長くはもちそうにない。ヘラクライストは止めるマーニャを振り切り、必ず戻ると約束して戦場に向かう。ヘラクライストは熾烈な戦いの果てにギガダロスを追い詰めるが、サラジンはマーニャを人質に取り…。

マーニャはヘラクライストを失った悲しみを乗り越え、聖樹王国の一員となった。みんなに喜んでもらおうと張り切るマーニャだが、何をやっても失敗ばかり。叱られたショックで、とうとう家出してしまった。探しに出たフェニックスに、サラジンが戦いを挑んでくる。やがてダークヘラ率いるヘリレオンの一群も出現し…。

サラジンはデビルゼウスに見放され、クレインバスターから追われた。モーゼットにそそのかされたリトルミノスは石版を奪い、天魔界へ。フェニックスたちは移動要塞聖樹王国で後を追う。リトルミノスはサラジンに手を組もうともちかけ、ゼウスの本心を見せてやると地下へ案内する。目の前に広がる光景にサラジンは…。

裏切り者リトルミノスを追うアマゾアムル。フェニックスたちも駆けつけるが、リトルミノスの超魔力に苦しめられる。仲間をかばい、傷つき倒れてもなお、立ち上がろうとするフェニックス。彼の心が、大切な人を守るために命をも投げ出そうとするマーニャの献身的な想いが、閉じ込められていたアムルの記憶を呼び覚ます。

アムルはマーニャの命を受け継ぎ、第四の戦士として生まれかわった。一方のリトルミノスは度重なる失敗に怒り、自らの身体からクィーンマジェスティとブラックナイトという分身を生み出して聖樹王国を襲撃。フェニックスは三位一体の攻撃に窮地に追い込まれてゆく。そしてティキを守るため、アスタラネモが命を落とし…。

デビルゼウスが自ら天魔界に乗り込んできた。フェニックスたちは魔煙弾に苦しみながらも、ダークヘラ、魔スターＰとの戦いに勝利する。しかしデビルゼウスの強大なデビルフォースの前には、渾身の必殺技も通用しない。もはやこれまでかと思った時、シヴァマリアの理力が発動。４人は心をひとつにして反撃を開始する。

フェニックス聖凰斬を受けたデビルゼウスの身体は光に包まれ、スーパーゼウスとスーパーデビルとに分かれた。二枚の石版はそれぞれの手に収まっている。スーパーゼウスは、スーパーデビルもまた伝説の戦士であることをフェニックスたちに告げる。スーパーデビルはリトルミノスとアノドを倒すため、協力を申し出るが…。

アノドを封印するため、６人の伝説の戦士は石版に聖フォースを注ぎ込む。対するリトルミノスは、超魔力でエネルギー球を地殻に送り込み、天魔界までも滅ぼそうとしていた。天変地異が起こり、崩壊をはじめた天魔界。聖樹王国は安全な場所へと飛び立つが、逃げ場を失った悪魔たちがクレインバスターに押し寄せてくる。

６人の戦士たちはメカタートルによって、ザイクロイドアノドの世界に送り込まれた。デビルフォースの誘惑を、自らの身体を傷つけることで断ち切るスーパーデビル。メカタートルが不時着すると、フェニックスたちの前にリトルミノスが現れる。デビルフォースに取り込まれた彼は、おぞましい姿へと変貌してゆく…。

巨大なモンスターと化したリトルミノスには、スーパーゼウスですら太刀打ちできなかった。天地球と天聖界は接近。ドームが壊れると、アノドは完全に復活してしまう…。フェニックスたちは力尽きて倒れるが、共に戦った仲間たちへの思いが聖フォースを甦らせる。全ての力を一つに集め、アノドを倒したかに思えたが…。