デュエマが大好きな少年、斬札ウィンが入学したのはデュエマの学校「マイハマ学園」！毎日デュエマで遊べる夢のような生活！……と思いきや、そこで行われていたのは型にはまった授業ばかり。そこでウィンはとんでもない行動に出て……！？デュエリストが集う学園で、新たな物語が始まる！

デュエマを最高に楽しむクラブ「デュエマさいこークラブ」の設立を目指すウィン。ルームメイトのウガタと共に部室づくりに励んでいると、以前戦ったマイハマギャング、マズキとケンドラに再会！ウィンは部室を根城にしようとする二人とデュエマで勝負することに！果たして勝負の行方は……！？

マイハマ学園での部活動設立には学園に君臨するデュエマ四天王「D4」のリーダー、プリンス・カイザの承認が必要だと知ったウィン。生徒会でもあるD4のもとへ向かい無謀にもカイザを勧誘するが、冷たくあしらわれてしまう。そこでウィンはクラブの承認とカイザの入部をかけてカイザにデュエマを挑む！

無事設立条件を満たして発足した「デュエマさいこークラブ」。ウガタは謎多きウィンの秘密を探るために観察を開始する。一方、ウィンはここ最近のウィンナー不足でカラカラになった邪神くんのためにウィンナーを振る舞うことに。それを食べた邪神くんの体には力がみなぎり始めて……！？

デュエマさいこークラブのみんなは今日も楽しく活動中！しかしウィンたちを目の敵にするD4のファルゴの策略により、マズキとケンドラがあらぬ疑いをかけられクラブは存続の危機に陥ってしまう……。そこで立ち上がったのはまさかのケンドラ──！？ファルゴからクラブを守るため、無謀にも思える勝負を挑む！

マイハマ学園の特殊学習施設「心の館」。ウィンたちはそこで伝説のデュエリストと呼ばれる先生からデュエマに必要な「心」を鍛える特別授業を受けることに。楽しみにするウィンだったが、突如現れたファルゴも授業に参加することになり……。デュエマさいこークラブを目の敵にするファルゴの企みとは一体何なのか！？

デュエマさいこークラブの部室が何者かの手による嫌がらせの被害に！その魔の手は顧問のエリザ先生にも迫っていた。ウィンたちは犯人を見つけ出すために立ち上がるが、最も怪しいと思われるファルゴにはアリバイが。一方、ひとり犯人を追うウガタはとある人物を怪しいとにらんでいて……。

ついにファルゴへ宣戦布告したデュエマさいこークラブは部室で迎え撃つ準備をしていた。一方、クラブの一員として過ごすカレンは自分の生い立ちと使命、そして周りの友達とのギャップに思い悩んでいた。そんなカレンにウィンたちがかけた言葉とは？そして、カレンが出した答えとは──！？

学園トップのD4という立場でありながらデュエマさいこークラブをかばってしまったボウイ。そのことをきっかけにファルゴから目を付けられ、ウィンたちのクラブを潰すことを約束させられてしまう。ウィンたちが今後も学園でデュエマを続けるため、悩みながらもデュエマさいこークラブに近づくボウイだったが……。

デュエマさいこークラブ解散のため奮闘したものの、使命を果たすことができなかったボウイ。ふがいない結果を見たカイザは、ボウイにある試練を課すことに。その内容は新たなD4候補とのデュエマ！対戦相手に名乗りを挙げたのはまさかの人物で──！？D4の座をかけた負けられない戦いが始まる！

熱き激闘の果てにD4の座を退いたボウイ。転がり込んだデュエマさいこークラブで自堕落に過ごしながら、これまでとの待遇の差を思い知る日々を送っていた。一方、新たなメンバーを迎えたD4では早速大波乱の予感……！？特別ルールのデュエマによる、カイザの洗礼が幕を開ける！

デュエマさいこークラブ、またも大ピンチ！？大量のお金が必要になったウィンたちは、審査で一位になれば賞金が手に入るマイハマ学園の文化祭に挑戦することに！ただの出し物では優勝できないと考えサーカスへ見学に行くウィンたちだったが、そこで待っていたのは恐怖のサーカス団で……！？

ファルゴの手により、デュエマさいこークラブは文化祭で人気トップにならなければ廃部になってしまうことに！おばけ屋敷を作ることにしたウィンたちは邪神くんに協力を依頼する。自身が生み出したノワールアビスを使うことにした邪神くんだったが、彼らは驚異の進化を遂げていて──！？

マイハマ学園の文化祭がついにスタート！しかし、デュエマさいこークラブのおばけ屋敷はファルゴの妨害でお客さんに避けられてしまい……。気を取り直してデュエマの学校ならではの出し物を楽しむことにしたウィンたち。一方、ファルゴは妨害の最後の仕上げのため、おばけ屋敷の門をくぐる！

邪神くんとノワールアビスたちの活躍により、デュエマさいこークラブのお化け屋敷は大人気！一方、このままではウィンたちが文化祭の人気投票でトップになってしまうと判断したファルゴは奥の手を使うことを決意。デュエマさいこークラブを本気で潰すために動き出す！

ファルゴの策略により、デュエマさいこークラブは廃部の危機に！大事な居場所を守るべくファルゴにデュエマを挑むウィン。しかしファルゴはウィンのデュエマを分析し、アビスに対抗する戦略を用意してきていた。絶体絶命のピンチの中、ウィンは逆転することができるのか！？そしてデュエマさいこークラブの運命は……？

熱きデュエリスト、チアリ＆むーちゃん。そんな二人にとってデュエマとは一体何なのか？答えを探すべく二人が向かった先は「D7サミット」。それは、アニメ「デュエル・マスターズ」を作る者たちによる重要会議だった！アニメ「デュエル・マスターズ」の裏側にカメラが初潜入！

アニメのお話の作り方を学んだチアリ＆むーちゃん。勢いそのままに、映像の制作現場にも突撃することに！ウィンやクリーチャーたちの映像は果たしてどのように出来上がっていくのか？さらにチアリとむーちゃんも制作に挑戦……！？アニメ「デュエル・マスターズ」の制作現場を大解剖！

マイハマ学園に新しい先生がやってきた！その名はリッパー教授！怪しい研究をする科学者？最強のデュエリスト？超能力が使える超能力者？デュエマさいこークラブやD4すらも翻弄するリッパ―教授に興味津々のウィン。謎多き彼の正体を解き明かすため、デュエマをすることに……！！

マナを使いこなせば邪神くんの真の力を引き出せる！？リッパ―教授からの提案で、「お特別授業」を受けることになったウィン。なんとその内容はウィンを生死の境に追い込み、心の闇を見つけさせることだった！！突然の事態に混乱するウィンは無事に生還することができるのか！？

休日にシラハマへ帰ってきたウィンは人気ディーチューバ―「シモカワチャンネル」の動画撮影に参加することに！動画配信の厳しさを実感するウィンたちだったが、シモカワチャンネルの二人はそんな彼らを逃さないようブラックな契約を用意していて……！？皆を助けるため、ウィンはデュエマで勝負をすることに！

見事リッパー教授の「お特別授業」を乗り越え、自身の闇のマナを感じられるほどに成長を遂げたウィン！一方、リッパー教授は邪神くんの闇の力も「お特別授業」でパワーアップさせると言い出して……。果たしてリッパー教授の新たな試練とは！？そして覚醒した邪神くんの新たな姿とは……！？

マイハマ学園の書庫に隠されていた古い地図。そこに記されていたのは、戦った者たちに想像を絶するものを与えるという秘密のバトルフィールド「フィールド・オブ・ウィナ」だった！探索のために学園の七不思議を調べるウィンたちは、ひょんなことからすべてが逆になった学園「逆マイハマ学園」に迷い込んでしまい……！？

逆ウガタとのデュエルに勝利し、逆マイハマ学園から帰還したウィンたち。「フィールド・オブ・ウィナ」を見つけるため次に向かったのは『4つの本の世界に繋がるゴブリンの巣穴』！そこで待ち受けていたのは４人の衛兵。果たしてその先で「フィールド・オブ・ウィナ」を見つけることができるのか！？

「フィールド・オブ・ウィナ」を探すウィンたちがたどり着いたのは学園の屋上の女神像の前だった！！そんなウィンたちの前に学園長から使命を受けたイッサが立ちはだかる……。果たしてウィンとイッサとの勝負の行方は！？そしてウィンたちは「フィールド・オブ・ウィナ」を見つけることができるのか？？

女神ウィナの導きによってついに伝説のバトルフィールド「フィールド・オブ・ウィナ」を発見したウィンたち。それによって全校生徒参加の大会『デュエル・ウォーズ』が開催されることに！！優勝者は女神ウィナによってどんな願いも叶えてもらえるというが……！？学園全体を巻き込んだ戦いがついに始まる！

激闘が続くデュエル・ウォーズ！父との約束を果たすため、強い決意を胸に奮起するボウイ。そんな彼の対戦相手に選ばれたのは、どん底からゾンビのように復活を果たしたファルゴだった！新たな特殊ルールも発表され学園内もさらなる盛り上がりを見せる中、因縁の新旧D4対決が幕を開ける！

デュエル・ウォーズもいよいよ大詰めを迎える中、ついにイッサVSカレンの現役D4対決が実現！！激闘の予感に興奮する周りをよそに、デュエル・ウォーズの歴史と女神の正体に違和感を覚え調査するイッサ。「学園の秩序を守る」という言葉の裏に隠れるイッサの本当の願いとは──！？

光、水、闇、火、自然──５つの文明が栄え、クリーチャーたちが平和に暮らす超獣世界。そこに突如として現れた「深淵」の穴。それは伝説の古代種族、アビスロイヤルの復活を意味していた。ジャシン帝率いるアビスロイヤルと五文明の熾烈な戦いの火蓋が切って落とされる！そして後半はリッパー教授の活躍を振り返り！

圧倒的な力で世界を蹂躙するジャシン帝とアビスロイヤル。火文明の長であるボルシャック・カイザーを倒し、次に狙いを定めたのは自然文明！仲間たちを守るため戦うゴルファンタジスタの前に邪闘シスが立ちはだかる……！！果たして、アビスロイヤルの進軍を止めることはできるのか！？そして後半はD4イッサの活躍を振り返る！

優勝すれば女神ウィナの力によってどんな願いも叶うという「デュエル・ウォーズ」。激闘の末、大会はついに準決勝に！第１試合は覚知山ボウイ対カレン。かつてD4の座をかけて戦った二人が、今度はそれぞれの願いのために激突！！特訓を経てハイレベルな戦いを繰り広げる両者。果たして勝利はどちらの手に！？

一進一退の攻防を繰り広げるカレンとボウイ！しかし、ニンジャ・チェンジを駆使したカレンが次第にボウイを追い詰める展開に…！！カレンがこのままの勢いでボウイを圧倒するのか？はたまた、ボウイの新たな切札の力で逆転勝利を手にするのか！？互いのすべてをぶつけ合う熱き決闘がついに決着！！！

デュエル・ウォーズ準決勝２回戦でついに激突するカイザとウィン！カイザへのリベンジとサイコーに楽しいデュエマをしたいという願いを叶えるため優勝を目指すウィン。しかしその願いはカイザにくだらないと断じられてしまう…。カイザが望む壮大な願い、そして語られざる母との過去とは一体何なのか……！？

お互い一歩も引かぬウィンとカイザ。火文明とボルシャックの圧倒的な展開力で苛烈に攻めるカイザに対し、アビスの新たな切札によって苦境をひっくり返すウィン。見事な逆転で勝敗が決したと思われたその瞬間！勝利の女神ウィナがカイザへ語りかける。ウィナの導きによってカイザは「希望の光」を手にすることができるのか？

ボルシャックが生み出した太陽の力を制御することが出来なかったカイザ。その影響でデュエル・ウォーズは一時中断してしまう事態に……。そんな最中、ボウイとの準決勝で敗退してしまったカレンは自らの力で病に倒れた頭領を救うため、病気を治すことが出来る薬草を探しに秘境へと向かうのであった──。

デュエル・ウォーズ開幕時には女神の声に導かれ迷いなく行動できていたウガタ。しかし、その後は再び長考する癖が戻ってきてしまっていた。ウィンの素早い判断と行動が実になっている様子を見て、自分も「考える呪縛」から解き放たれたいと願うが──。果たして、ウガタの長考の原因とは一体何なのか？

デュエル・ウォーズが再開されないままマイハマ学園は冬休みへ。束の間の日常に退屈していたウィンはウガタと共にシラハマに帰ることに。そこで待っていたのはパパリン、そしてシラハマの仲間たちとの毎年恒例クリスマスパーティー！デュエマ漬けの楽しい会の中、ウガタはますますウィンへの興味を強めていて──！？

ウィンの心の奥底に眠る闇のマナの根源……その正体は「幼い頃から抱く母親への思い」だと突き止めた邪神くん。闇のマナを手に入れ真の力を取り戻すため、ウィンへ揺さぶりをかけることに！母親への思いを口にさせることで心の闇を引き出すことを目論むが……。果たしてウィンの心の闇は邪神くんによって解き放たれてしまうのか！？

デュエル・ウォーズの再開が待たれる中、マイハマ学園には不穏な気配が──。生徒達がまるでゾンビのように無気力でネガティブになってしまっているのだ！！この原因不明の現象を解明するため、デュエマさいこークラブの面々とカイザ達D4が調査に乗り出す！そして浮かび上がってきた怪しい人物とは……？

マイハマ学園の生徒たちがゾンビのようになってしまう怪現象は大いなる危機が迫っている証だと語るリッパー教授。マイハマの未来が危ぶまれる中、今なお「長考の呪縛」に苦しめられるウガタに、謎のネズミ「チュウ太郎」が道を示す！誘われるまま不思議な部屋にたどり着いたウガタが見たものとは…！？

学園に潜む敵の正体をつかむべく調査を進めていたカイザとボルシャック。そんな彼らのもとに突如として、今は亡き母の声が語りかける。学園の危機、そして母の命を奪った黒幕は「邪神」なのである…と。すべての真実を知り怒りに震えるカイザは邪神に必ず報いを受けさせることを誓い、自らの命を顧みず再び太陽の力を手に入れることを決意した！！！

ウィンの心の奥底に邪神くんが迫るエピソードをプレイバック！真の力を取り戻すべく、ウィンへ本格的な揺さぶりをかけ始める邪神くん。母親への思いを糸口に秘められた心の闇を引き出すことを目論むが……。ウィンの深淵には何が隠されているのか！？

復讐に怒りを燃やし暴走するカイザ。彼はただひたすらに母の仇である邪神を焼き尽くすためだけに歩を進める。全てを捨て邪神への復讐を決意したカイザを止めるため立ちはだかったのは、ボウイだった！！太陽の炎でも燃やすことのできないダイヤモンドの精神は、カイザを止められるのか！！？

怒りで暴走するカイザを止めるためデュエマ勝負を仕掛けたボウイだったが、必死の想いも太陽の力を手にしたカイザには届かない……。しかし、ウィンはボウイの足止めのおかげで邪神くんのさらなる力を引き出すことに成功したのだった！満を持して再び対峙するウィンとカイザ。因縁のライバル二人の最後の決闘が今はじまる！！！

譲れない思いを胸に戦い続けるウィンとカイザ。互いの切り札がぶつかり合う激闘は苛烈さを増していく──。一方、学園を脅かす闇の正体を突き止めたリッパー教授もまた、その根源を打ち倒すべくデュエマを開始する。マイハマをかけた二つの戦いの結末は一体どこへ向かうのか！？

ついに決着したウィンとカイザの頂上決戦！しかし死闘の余韻に浸るのも束の間、学園を包んでいた暗闇の根源、コンプレックスがついにその姿を現す。マイハマ中の人々から闇のマナを吸い上げ、「ウガタの願い」を次々と叶えていくコンプレックス。自らを「デュエル・マスター」と名乗り、邪神の討伐を掲げるウガタにウィンはどう立ち向かうのか！？

ウガタが胸に秘めてきたウィンへの劣等感。コンプレックスはその心の闇を利用し、ウガタをヒーローウガタへと変身させてしまう。ほのかな憧れを強い憎しみに変え、マイハマを救うヒーローとしてウィンと邪神を滅ぼそうとするウガタ。果たしてウィンは大切な友達を救うことができるのか──！？

各文明を着実に蹂躙していくアビスベル＝ジャシン帝とアビスロイヤル。自らの絶対的な力に酔いしれる中、深淵を狙い放たれた魔力砲を目にする。光の中から現れたのは《芸魔王将 カクメイジン》。果たして、ジャシン帝を狙う新たな影の正体とは──！？そして後半はカレンの活躍を振り返る！

アビスベル＝覇＝ロードとバンキシーの激闘の最中、突如として現れた太陽。それは歴代ボルシャックの力を体内に宿し燦然と輝くボルシャック・バクテラスだった！！再び始まる火と闇の頂上決戦！クリーチャーワールドを揺るがす戦いはついにクライマックスへ！そして後半はウィンとカイザの戦いを振り返る！