社長になったボス・ベイビーは、赤ちゃん愛100%達成という目標を打ち立てる。そんな社長の期待に応えようと、社員たちはシャカリキになって働く。

小型ヤギのピグ、コアリクイのタムといっしょに優しいお姉さんが登場するTV番組が大人気に。この新ライバルをたおすべく、ボス・ベイビーは宣戦布告。

社員の士気を高めようと、ボス・ベイビーはカップケーキ会を開く。そのためティムとの約束を守れなくなり、代わりに部長ベイビーに対応させることに。

赤ちゃん愛の向上のために新たな戦略を展開するボス・ベイビー。地元サッカーチームの名前を"ハイブ"から"ベイビーズ"に変えようと画策する。

大人の映画にしのびこんだティムは、子供を卒業して大人になる準備ができたと思いこむ。そんな中、ボス・ベイビーは初めてのおとまり会にのぞむ。

会社にコンサルタントが現れ、バカげたアイデアを提案し始める。おまけに社長の座をねらって動き出したことから、ボス・ベイビーの悪夢が始まる。

ボス・ベイビーは家族とともに、祖父母の住むシカゴへ。そこで、口ヒゲを付けて大人のフリをしている野心満々のベイビーと真っ向から対決。

ボス・ベイビーが病院に行くことになり、ステイシーが臨時ボスに。社長の不在中、ピグとタム、OCB、バグという3組の敵を相手にステイシーは大いそがし。

過去にメガ・ムチムチが手がけたプロジェクト・ドカーンについて知ったボス・ベイビー。この企画(きかく)は世界中の赤ちゃんを危険にさらしていた。

ガレージセールで調子に乗り、ティムのお気に入りのおもちゃまで売ってしまったボス・ベイビー。おもちゃを取りもどそうと、会社の総力を結集する。

オフィスが乗っ取られ、社が存亡の危機に。会社を救うべく、ボス・ベイビーは社員に再結集を呼びかける。ティムは、ダニーと最後の一日を過ごす。

テンプルトン家の地下室ではオムツが山積み。ボス・ベイビーはベイビー株式会社を取りもどすべく、オフィスにしのびこんで宿敵を追い出す計画を練る。