銀河連邦刑務所に収監され、尋問を受けるリック。捜査官は次元移動銃の製造方法を盗むため、リックから過去の記憶を聞き出そうとする。一方、銀河連邦の支配下に置かれた地球では、リックのいないスミス家が惨めな生活を送っていた。ある日サマーは、リックを救い出したい一心で裏庭から次元移動銃を掘り起こす。しかし移動先の次元でモーティと共にリック協議会に捕らえられたうえ、リックの暗殺計画を聞かされる。

ジェリーが家を出てしまった日、リックはサマーとモーティを連れて地球滅亡後の近未来へ出かける。宝の石アイソトープをお目当てに、残忍なデスストーカーたちと共同生活を始める３人。だが両親の離婚で傷ついたサマーとモーティは、無意識のうちに逃げ道を求めて暴力的になっていく。そんなある日アイソトープを盗み出したリックは、家に帰りたがらないサマーとモーティを置き去りにして地球へ帰ってしまう。

家族カウンセリングを免れようと、ピクルスに変身したリック。しかし元の姿に戻るためにセットしておいた注射器をベスに没収され、ピクルスの姿のまま取り残されてしまう。体の自由がきかないリックは、雨水に流されて排水溝の中へ。ゴキブリやネズミの神経を次々と奪いながら、パワードスーツを作り上げていく。ようやく排水溝から抜け出したものの、さらなる危険がリックを待ち受けていた。

ヒーロー集団ビンディケーターズがリックとモーティに招集をかける。翌日、世界滅亡をもくろむ悪党を倒すためにリックたちが要塞に忍び込むと、すでに何者かが退治したあとだった。前の晩に泥酔したリックが、悪党一味を全滅させたうえ、ビンディケーターズ用に脱出ゲームまでこしらえていたのだ。脱走者や敗者が容赦なく殺されていくなか、ビンディケーターズは無事に脱出できるのか？

ジェリーを元気づけようと冒険に誘い出したリック。向かった先は、不死身バリアに覆われた高級リゾートだった。しかしリゾートの副支配人はリックに恨みを持っており、ジェリーにリック殺しの相談を持ちかける。話に乗ったジェリーはリックを連れて、バリア外を通るガクブル・コースターに乗ることに。一方のスミス家ではサマーが実験室の装置を使って豊胸しようと試みるが、誤って巨人化してしまう。

大冒険を終えてクタクタのリックとモーティは、銀河一のスパでしばし休憩を取ることに。解毒装置を試した２人は心身健やかに生まれ変わるが、その裏では毒素として除去されたリックとモーティの自我が装置の中に閉じ込められていた。地球に戻ったモーティが学校の人気者になる一方で、元の自分を取り戻したいリックは装置を使って毒素を地球に送り込む。ところが、毒素のリックたちには邪悪な企みがあった。

あらゆるリックとモーティが暮らす要塞都市が、地球のリックに破壊された。あちこちから資金を集めて再建を試みるものの、要塞内でのリックとモーティの溝は深まる一方だ。学校に通うモーティたちは、新しいリックのもとに送られる日のために没個性化され、リックに捨てられたモーティたちは違法行為に走ってしまう。そんななか行われた初代大統領選挙に、１人のモーティが出馬することになる。

冒険のトラウマに悩むモーティは、恐ろしい冒険の記憶をリックに消してもらっていたこと、さらにリックがモーティの“パニック・メモリー”を密かに収集していたことを知る。記憶から消された冒険を１つずつ見ていくうちに、リックに不都合な冒険までもが勝手に消されていたことに気づくモーティ。怒りに任せてリックとけんかを始めるが、誤ってお互いの記憶を消してしまう。

かつてリックがベスのためにつくり上げた世界フルーピーランドに、ベスの幼少期の親友トミーが閉じ込められていた。ベスはトミーを救い出そうとリックと共に冒険に出かけるが、トミーはフルーピーランドの人食い王として君臨しているうえに、リックはベスの過去を責め立てて冒険を途中で投げ出す始末。一方ジェリーに面会したサマーとモーティは、ジェリーにエイリアンの恋人がいることを知る。

ホワイトハウスからの要請を受けて、地下トンネルに現れたモンスターの退治にやってきたリックとモーティ。軽々と任務を終えた２人は帰宅してゲームの続きを始めるが、ウソがバレて大統領の反感を買ってしまう。大統領はリックとモーティには任せず、世界の諸問題を自ら処理しようと奮闘する。その頃、自分がクローンだと疑い始めたベスはジェリーのもとを訪れていた。