南イタリアの都市、ネアポリス。風光明媚な観光地だが、ギャングが支配する街でもある。 ジョースター家の宿敵・DIOの息子と思しき人物「汐華初流乃」を探すため、この街を訪れた広瀬康一は、 青年ジョルノ・ジョバァーナと出会い、荷物を盗まれてしまう。 その際、康一はジョルノこそが探していた「汐華初流乃」であり、 同時に彼がスタンド使いであることを知る。 一方、ジョルノはギャングの「涙目のルカ」から因縁をつけられてトラブルになり、 それが原因で同じくギャングのブローノ・ブチャラティから狙われることになる……。

涙目のルカに重傷を負わせた犯人を探るブチャラティは、 スタンド「スティッキィ・フィンガーズ」の攻撃でジョルノを追い詰める。 対するジョルノは、スタンド「ゴールド・エクスペリエンス」で応戦。ジョルノは戦いのなかで、 ゴールド・エクスペリエンスに「生命を与える」能力だけでなく、 攻撃した相手の「感覚だけを暴走させる」能力があることを知る。

「パッショーネ」に入団するというジョルノの覚悟を理解したブチャラティは、 ジョルノに入団試験を受けさせる。 試験を出すのは刑務所に収監中の幹部・ポルポ。 ポルポはジョルノに炎が灯ったライターを渡し、24時間、炎を消さないよう命じる。 しかし試験に臨むジョルノの前に、 盗まれたパスポートを取り返すため、康一が現れた。

ライターの炎を再点火すると、 突如、ポルポのスタンド「ブラック・サバス」が出現し、攻撃してきた。 ジョルノは苦戦するも「ブラック・サバス」の弱点を見抜き、 追ってきた康一と共に立ち向かう。 その戦いの中で康一が「矢」の存在に気付き、 ポルポの課した試験の狙いがスタンド能力の発現にあることを知る。

「パッショーネ」の入団試験に合格したジョルノは、ブチャラティの部下であるレオーネ・アバッキオ、グイード・ミスタ、 ナランチャ・ギルガ、パンナコッタ・フーゴ と出会う。 ジョルノを迎え入れたブチャラティチームの一行は、ポルポの隠し財産の100億リラを回収するため、カプリ島へと向かう。 一方、噂を聞きつけた「パッショーネ」のギャング達も、ポルポの遺産を狙い動き始めていた。

カプリ島へ向かう船の上で、何者かからスタンド攻撃を受けたブチャラティ一行。 ひとり、またひとりと船から消える中、 隠れた敵の正体を暴くために、ジョルノは自ら攻撃を受ける。 新入りを信用していないアバッキオだったが、ジョルノが覚悟を証明したことで、 アバッキオはスタンド「ムーディー・ブルース」を発動。 ナランチャに起こった出来事を「再生（リプレイ）」させ、ブチャラティと共に敵の能力の謎へと迫る。

ポルポの遺産を狙っていた組織の一員、 ズッケェロを倒し、捕らえられていた仲間を救出したブチャラティ。 しかしズッケェロは戦いに敗れる前に、 ブチャラティたちがカプリ島へ向かっていることを仲間の男に無線で連絡していた。 ムーディー・ブルースの能力でその男がすでにカプリ島で待ち伏せしていることを知ったジョルノとミスタは、 船より先に島に上陸し、その男を始末すると提案する。

ジョルノと共にカプリ島に上陸したミスタは、 ズッケェロの仲間・サーレーを発見。 ミスタはスタンド「セックス・ピストルズ」の能力で撃った弾丸を操作し攻撃するが、 サーレーのスタンド「クラフト・ワーク」の前に苦戦を強いられる。 なんとか反撃を試みるミスタだったが、 彼の手元には弾丸が「4発」しか残っておらず……。

ポルポの隠し財産である100億リラの回収に成功したブチャラティたち。 そんな彼らの前に、組織の幹部ペリーコロが現れる。 ブチャラティから100億リラを受け取ったペリーコロは、 ブチャラティを幹部に昇進させ、 さっそくボスからの命令を伝える。 その内容は、ボスの娘トリッシュ・ウナを組織の裏切り者たちから護衛することだった。

ホルマジオのスタンド「リトル・フィート」の攻撃を受けたナランチャの身体は、 少しずつ小さくなっていた。 しかしナランチャはスタンド「エアロスミス」のレーダーを駆使し反撃。 エアロスミスの激しい攻撃に追い詰められる中、 ホルマジオは「暗殺者チーム」がボスから受けた屈辱の記憶を思い出していた……。

ボスの娘・トリッシュを狙うホルマジオは、 リトル・フィートの能力でナランチャの身体を数センチまで縮ませ、捕獲。 蜘蛛の入った瓶にナランチャを閉じ込め、トリッシュの居場所を問い詰める。 絶体絶命の状況の中、『トリッシュを守る』という決意のもと、 ナランチャはエアロスミスの銃弾を放ち、反撃を図る。

「暗殺者チーム」からトリッシュを守り安全に逃げるため、 ブチャラティ達に下ったボスからの第二指令は、 ポンペイ遺跡に隠されたある「乗り物」の鍵（キー）を回収することだった。 指令に従い、ポンペイ遺跡へ回収に向かうジョルノ、アバッキオ、フーゴの3人。 そしてフーゴは、遺跡の壁に不自然に掛けられた鏡の中に、 怪しい人影を見つける……。

鏡の中に潜んでいたのは、暗殺者チームの一員、イルーゾォだった。 イルーゾォのスタンド「マン・イン・ザ・ミラー」によって 鏡の中に引きずり込まれたフーゴは、 スタンド「パープル・ヘイズ」を発動し、応戦を試みる。 一方、任務の遂行を第一に考えるアバッキオは、 フーゴを探すよう主張するジョルノを残し「犬の床絵」へと向かう。 しかし、アバッキオが鍵を回収しようとした瞬間、 彼も鏡の中へと引きずり込まれてしまう……。

「ヴェネツィアまでトリッシュを連れて行く」。 ボスからの次なる指令に従いブチャラティ達はネアポリス駅へ向かう。 「6番ホーム、『亀』のいる水飲み場で『鍵』を使え」。 メッセージに従い水飲み場を探すが、鍵穴がみつからない。 一方、暗殺者チームのプロシュートとペッシが ネアポリス駅までブチャラティ達に迫っていた。 鍵穴の謎を解いてフィレンツェ行きの超特急へ飛び乗るブチャラティ。 追いすがる暗殺者チーム。そして、列車が発車する。

列車の中で姿を隠したブチャラティ達をあぶり出すため、 プロシュートは、スタンド「ザ・グレイトフル・デッド」の能力で、 車中の人間を無差別に老化させはじめる。 亀の中に隠れていたブチャラティ達だったが、 次第に老化が始まり危機に陥る。 ミスタが外に反撃へ向かうが、 罠を張っていたペッシのスタンド「ビーチ・ボーイ」に捕らえられてしまう。 プロシュートとペッシ、 ふたりの暗殺者にミスタは追い詰められる。

セックス・ピストルズNo.6の知らせを受け反撃に出たブチャラティだったが、 ザ・グレイトフル・デッドの強力な能力の前に苦戦を強いられる。 『覚悟』を決めたブチャラティは、 プロシュートを道連れに時速150kmの列車の外へと身を投げ出した。 激闘の末、最後の力を振り絞りザ・グレイトフル・デッドを発動するプロシュート。 その姿に、彼の覚悟を「言葉」ではなく「心」で理解したペッシ。 ブチャラティとペッシの『覚悟』がぶつかり合う。

プロシュートとペッシを打ち倒したブチャラティ達は、 車でヴェネツィアへと向かっていた。 暗殺者チームのメローネは、現場に残されていたブチャラティの 血液を採取しスタンド「ベイビィ・フェイス」を発動。 列車にいた女性を襲い生み出されたスタンドは、 ブチャラティが発するエネルギーを自動追跡する遠隔パワー型スタンドだった。

ベイビィ・フェイスが生み出したスタンドの「人間を別の物体に組み替える」能力をヒントに、 ゴールド・エクスペリエンスの能力で「身体の部品を作る」方法を見出したジョルノ。 奪われた身体を復元し、反撃に出る。 一方トリッシュを狙う暗殺者チームのギアッチョは、 メローネと合流するため、ジョルノ達のもとへ車を走らせていた。

空気中の水分を超低温で凝結させ、 スーツのように身に纏うギアッチョのスタンド「ホワイト・アルバム」。 走行中の車内で低温による攻撃を受けながらも なんとかヴェネツィアに到着したジョルノとミスタだったが、 運河へ車ごと飛び込んだ結果、窮地に陥ってしまう。 自らの犠牲を厭わない様子のミスタに、 ジョルノは犠牲の心でなく『覚悟』が必要であることを示す。

互いに示した『覚悟』により、強敵ギアッチョを倒したミスタとジョルノ。 入手したDISCの中に収められていたメッセージは、 「サン・ジョルジョ・マジョーレ島の教会にある大鐘楼、その塔の上にトリッシュを連れて行く」 というボスからの最終指令だった。 トリッシュを連れ、塔を昇るブチャラティ。 しかしエレベーターの中から突如としてトリッシュが姿を消す。 ブチャラティはエレベーター内に残された痕跡を見て、 ボスの真の狙いに気付く――。

ボスの真の狙いが自らの正体を完全に消し去るために トリッシュを始末することだと悟ったブチャラティは、 信じた正義を再び裏切ったボスを倒し、 トリッシュを救い出すことを決意する。 一方、ボートでブチャラティの戻りを待つジョルノは、 ただならぬ異変を感じていた。 『空の雲はちぎれ飛んだ事に気づかず、消えた炎は消えた瞬間を炎自身さえ認識しない』。 ボスのスタンド「キング・クリムゾン」が立ちはだかる。

それぞれの『正義』、それぞれの『意志』により、 組織を裏切る道を歩み出したブチャラティ達。 トリッシュも自らの意志で「自分は何者から生まれたのか」を知るために、 「母は『サルディニア島』で父と出会った」と話す。 ヴェネツィアで様子を伺っていた一行だったが、レストランでの食事中、 ナランチャがスタンド攻撃を受ける。 ボス直属の親衛隊が、動きを見せ始めた。

ナランチャに攻撃したのは、親衛隊のスクアーロのスタンド「クラッシュ」だった。 さらに、スクアーロの相棒・ティッツァーノのスタンド「トーキング・ヘッド」の能力により、 考えていることの逆を言ってしまうナランチャ。 スクアーロとティッツァーノはナランチャを利用してチームを撹乱し確実に追い詰めていく。 二人の親衛隊を相手に危機に陥るナランチャだが、 無事ヴェネツィアを脱出するため、臆することなく立ち向かっていく。

スクアーロとティッツァーノを倒したブチャラティたちは、 ボスの過去を探るためサルディニア島へ出発する。 ジェット機を確保するためマルコ・ポーロ空港へ向かったところ、 一人の不気味な男が近づいてきた。 スタンドを発動しようとしたそのスタンド使いを、ミスタは攻撃される前に射殺。 あまりのあっけなさに違和感を抱きながらも飛び立った一行だったが、 ジェット機の中、ジョルノは戸棚から不審な物音を聞く……。

空港でミスタが殺害した男・カルネのスタンドは、 自らが死んで初めて発現するスタンド「ノトーリアス・B・I・G」だった。 『動き』に反応し次々に襲い掛かるノトーリアス・B・I・G。ジョルノは両腕を失い、 ゴールド・エクスペリエンスの能力が使えなくなったかのように思われたが、 ブローチに生命を与え左手を創り出していた。 トリッシュはその左手を守ると決心し、ブローチに向かうが、動きを感知されてしまう。 絶体絶命かと思われたそのとき、 トリッシュのスタンド「スパイス・ガール」が発現した。

1965年、夏。 アドリア海に浮かぶ女子刑務所の中で一人の女性が男児を出産した。 奇妙なことだが、彼女は女性しかいない環境下で2年前から服役していたにも関わらず妊娠していたのだった…。 時が経ち現在、サルディニア島に一人の若い青年が訪れていた。 彼の名はドッピオ。 時を同じくして暗殺者チームのリーダー、 リゾットもトリッシュとブチャラティたちの行方を追ってサルディニア島に到着する。 ドッピオとリゾットが、コスタ・ズメラルダで出会う。

スタンドの音を聞き取った仕草から、 ドッピオがボスから信頼されたスタンド使いであると判断したリゾットは、 磁力を操るスタンド「メタリカ」によりドッピオを攻撃する。 ドッピオはボスからの電話により与えられた 「キング・クリムゾン」の能力の一部「エピタフ」を使い応戦。 戦いの最中、ドッピオの様子が徐々に変化していることに気付いたリゾットは、 ドッピオの正体を悟る。

リゾットの猛攻により窮地に陥ったドッピオだが、 崖の下にいたナランチャのエアロスミスによる銃撃を誘い込み、 リゾットに致命傷を負わせる。 ブチャラティとナランチャはエアロスミスが察知した敵を確認するため崖の上へと向かい、 アバッキオはトリッシュの母親を撮影した人物の正体を暴くため、 ムーディー・ブルースで15年前の海岸を再生（リプレイ）する。

死の間際、アバッキオはムーディー・ブルースの再生（リプレイ）を終え、 ボスの顔と指紋をデスマスクとして仲間たちに残した。 アバッキオの意志を継ぎ、残された指紋からボスを探し出そうとするブチャラティ達に、 突然何者からか通話が入る。 謎の男は、ボスの名は「ディアボロ」であると明かし、 ディアボロを倒す可能性が『矢』にあると話す。 ブチャラティたちは男に会うため、男が待つローマのコロッセオへと向かう。

ブチャラティたちを待ち受けていたのはボスの差し向けた追手、 チョコラータとセッコだった。 チョコラータはスタンド「グリーン・ディ」を発動。 生物を腐らせるカビにより ブチャラティたちが到着した漁村の人々諸共、無差別に攻撃を始める。 ブチャラティたちは攻撃を避けコロッセオを目指そうとするが、 セッコがスタンド「オアシス」で行く手を阻む。

チョコラータがヘリコプターに乗り上昇を始めると、 「グリーン・ディ」は能力により殺傷範囲を拡大。 そのままローマへと向かい、 ローマの街全体に殺人カビを撒き散らそうとする。 チョコラータの狙いを阻止しようとするブチャラティたちの前に、 セッコが立ちはだかる。 ジョルノとミスタはチョコラータ、ブチャラティは セッコと対峙することを決意する。

激戦の末、チョコラータを打ち破ったジョルノとミスタ。 しかしチョコラータが最期に残した留守番電話を受け取ったセッコは、 コロッセオにボスを倒す秘密があることを知る。 チョコラータの敗北を悟り、 秘密を求めコロッセオへ向かおうとするセッコ。 セッコを阻止するためブチャラティは攻撃を仕掛けるが、 「オアシス」の強力な能力に苦戦する。 コロッセオを目前に熾烈な戦いが繰り広げられる。

セッコとの戦いに勝利したブチャラティだが、 その身体は限界に近づいていた。 既にローマに到着していたボスは、 ドッピオの姿でブチャラティに声をかけ接近。 ブチャラティの様態を察し、 自らがトリッシュであるかのように振る舞うことで存在を偽装する。 コロッセオにはボスを倒す秘密を握る男が待っていた。 そして時が飛び、ボスの真の姿が明らかになる。

ボスを倒す秘密を握る男ジャン・ピエール・ポルナレフ。彼の前に現れたのはブチャラティたちではなく、 パッショーネを統べるボスの真の姿、ディアボロだった。 ポルナレフを始末しようとディアボロが キング・クリムゾンを発動したその時、 ポルナレフのスタンド「シルバーチャリオッツ」が「矢」に貫かれた。 ディアボロ、そしてコロッセオに近づいていたジョルノたちの身体に 異変が起き始める。 次第に力が入らなくなった彼らは倒れ、眠りにつく。 深い眠りから覚めた彼らの精神には、ある変化が現れていた。

「矢」に貫かれた「シルバーチャリオッツ」は、 「チャリオッツ・レクイエム」となり暴走を始め、 辺り一帯にいる者の精神をそれぞれ入れ替えてしまった。 混乱するジョルノたちの前にポルナレフが姿を現す。 「力のある者が『矢』を使えば、その者はすべての生き物の精神を支配する力を持つことになる」――。 ポルナレフからスタンド力（パワー）には 「先」があると知らされたジョルノたちはブチャラティと合流し、 レクイエムから「矢」を奪おうとする。

暴走した「チャリオッツ・レクイエム」の真の能力により、 ポルナレフの身体が異形のモノへと変貌を始めた。 異常な事態に、一刻も早くレクイエムから「矢」を取り上げようと追うブチャラティたち。 しかしジョルノは「ディアボロの精神が、この中の誰かに取り憑いている」と告げる。 身体と精神が入れ替わったジョルノたちに潜む、ディアボロの精神。 鎮魂歌が奏でられる中、ジョルノたちとディアボロ、どちらが先にレクイエムから「矢」を奪うか。 そして遂に、ディアボロが姿を現す。

トリッシュの精神に取り憑いていたディアボロは、レクイエムの謎を解き「矢」を奪うことに成功。 ジョルノ達は矢を取り返そうと攻撃を繰り出すが、時を飛ばすキング・クリムゾン、 そして未来を予知するエピタフの能力を前に、攻撃は届かない。 そしてディアボロが自身のスタンドに「矢」を突き立てようとしたその時、 ブチャラティは、レクイエムを完全に破壊する。 圧倒的な力を持つディアボロに、ジョルノ達は立ち向かっていく。

ブチャラティ達が繋いだ 「矢」を受け取ったジョルノは、 ディアボロとの死闘の末、 ゴールド・エクスペリエンスを矢で貫いた。 「真実から出た『誠の行動』は決して滅びはしない」。 進化したジョルノのスタンド「ゴールド・エクスペリエンス・レクイエム」は、 ディアボロを「死ぬ」という真実へさえも辿り着かない、 終わりのない「終わり」へと葬る。

ジョルノがブチャラティ達に出会う前、 ブチャラティの元へある花屋の店主が訪れた。 店主は、数か月前に『奇妙な形の石』を持ったまま 娘がマンションから飛び降りて亡くなった事件の、 真相を突き止めて欲しいと依頼する。 捜査を任されたミスタは、 疑いのある娘のボーイフレンドだった彫刻家・スコリッピを見つける。 スコリッピはミスタに「われわれは皆『運命の奴隷』だ」と告げ、 ミスタの前に現れた奇妙な石は、 ブチャラティのある『運命』を告げていた。