『委員長の魔女』との戦闘に苦戦するまどかとほむら。 魔女の手下がまどかに攻撃を仕掛ける中、ほむらは時間停止を使用しまどかを助けるために銃を構える。 しかしその先に現れたのは謎の少女だった。少女の姿に動揺したほむらは、時間停止を解除してしまう。 まどかに手下が迫る中、危機を救ったのは神浜から戻ったさやかだった。そしてさやかは、まどかたちに神浜でのマミの事、そして「魔法少女の真実」を告げるのだった――

マギウスの本拠地である『ホテルフェントホープ』の場所を突きとめる為、黒羽根たちを追うやちよ。その中で、『覗き見城下町のウワサ』と戦闘を繰り広げる。 そしてやちよは、ホテルフェントホープの入り口を探すため、過去にウワサが出没したシャッター商店街を歩いていた。そこで、宝崎市の魔法少女・黒江と小さいキュゥべえと出会うが、咄嗟に逃げる黒江を追いかけたやちよの前に現れたのは、かつての親友・梓みふゆだった。 みふゆは、いろはのような犠牲者を出さない為にもマギウスの計画は必要だと話し始めるが……。

「万年桜のウワサ」の結界内でいろはを見つけたやちよと黒江。 しかし、突然いろはから現れた沈黙のドッペルに飲み込まれてしまう。 目を覚ましたやちよは、みかづき荘にて、鶴乃、フェリシア、さな、そしていろはと共に普段通り朝食を囲むが、本来そこにいるはずのない黒江の姿もあった。 やちよと黒江は、その状況に戸惑いながらも現実世界ではなく、 沈黙のドッペルが見せる「夢の世界」ではないかと考え、現実世界のいろはの身を案じ、 やちよはいろはを目覚めさせるため夢の中のいろはに訴えかける。

いろはは、黒江から妹ういの親友であり、マギウスの柊ねむの事を聞き ねむが自分の事を覚えていると知る。 いろはは、ねむと話すため黒江にねむのもとへ連れていくよう頼み、いろは、やちよ、黒江の3人はマギウスの本拠地「ホテルフェントホープ」へと向かう。 そして、フェントホープの入口にたどり着いた3人だったが、入口から出てきた天音姉妹と鉢合わせてしまう。やちよが天音姉妹を引き付けている間に、フェントホープ内に入り込んだいろはと黒江は、ねむのもとを目指すが、その前に現れたのは黒羽根の姿をした、水波レナと秋野かえでだった。

みかづき荘の仲間を探すために一人で出発するいろはだが、黒江も付いていくという。 黒江は、いろはの事を思うようになっていた。一方、フェリシアとさなはマギウスの中で黒羽根として働いていた。「魔女にならない方法が分かるまでは帰らない」と言うフェリシア。ウワサにつかまった人々を管理しながら、さなはマギウスの活動に疑問を抱く。 その一方で、白羽根として活動するみふゆは、思いがけない人物と再会して困惑する。 それぞれの想いが錯綜する中、灯花はすべての魔法少女を救う作戦の詳細を発表するのだった。その内容は――

いろはを先に行かせた黒江は、マギウスと戦いながらドッペルの声を聞く。「私のこと、忘れちゃった？」。ささやく声に戦慄する黒江。 一方、先行するいろはには、ういの声が聞こえていた。マギウスの作戦に混乱するフェリシアとさな。すべてをあきらめた様子のみふゆに、さなは疑問をぶつけて自分の意志を伝える。 作戦の決行によってたくさんの魔女が集まって来る神浜市街で、いろはを追っているやちよ。そこでやちよは、見滝原市の魔法少女と遭遇するのだった。

マギウスの本拠地に乗り込んだ魔法少女たち。再会したいろはとやちよ、そして合流したまどか達の前に立ちふさがるのは、マギウスの戦士となった由比鶴乃と巴マミだった。マミと鶴乃は我を失っていて、仲間であるはずの魔法少女達を攻撃する。戦うに戦えず、苦戦するいろはとまどか。 そのころ神浜市にはマギウスの作戦によって、魔女が次々と呼びせられていた。そして、観測史上最大のスーパーセルも接近していて、６時間後には神浜市に上陸すると言う。 そのスーパーセルの正体は最凶最悪の魔女、ワルプルギスの夜であった。

ウワサと融合していた鶴乃を倒された事で、マギウスの灯花は、いろは達に激しい怒りを向ける。 そして、兵隊グマのウワサの大軍を差し向ける。そんな灯花の様子を見て戸惑うねむ。何やら事態は、ねむの思惑とは異なる方向に進んでいるらしい。そんな中、いろはが気付くと、一人で見知らぬ世界にいた。そこは芝居小屋の観客席で、メルという魔法少女が占いをしていた。 メルを見たいろはは、記憶ミュージアムで灯花によって見せられた、過去の出来事を思い出す。